Hydrokolonoterapia to zabieg wykonywany w gabinecie zabiegowym przez pielęgniarkę lub lekarza. Pacjent ubrany w jednorazowe majtki i koszulę układa się na leżance na lewym boku, a następnie kładzie się na plecach, z nogami lekko ugiętymi w kolanach.

Za pomocą tzw. ?obturatora?, do odbytu wprowadza się specjalną, plastikową rurkę ?speculum? o średnicy około 20 mm, na głębokość od 5 do 8 cm. Rurka pokryta jest specjalnym żelem, dzięki czemu nie wywołuje żadnego dyskomfortu. Do rurki tej podłącza się dwa plastikowe wężyki ? jeden cienki o średnicy około 8 mm, doprowadzający wodę, a drugi o średnicy około 20 mm, odprowadzający wypłukaną treść z jelita. Cały ten zestaw jest jednorazowy. Rurki podłącza się do specjalnego urządzenia, które posiada atest medyczny i jest zaopatrzone w zawór zwrotny, przyrządy do kontroli temperatury i ciśnienia oraz przepływu. Urządzenie pozwala także obserwować wypływające z jelita złogi, w specjalnie podświetlonym wizjerze. Urządzenie jest podłączone bezpośrednio do kanalizacji, dzięki czemu podczas zabiegu nie wydzielają się żadne nieprzyjemne zapachy.

Prawidłowo przeprowadzony zabieg polega na bardzo delikatnym, przepłukiwaniu okrężnicy łagodnym strumieniem ciepłej, przefiltrowanej i zdezynfekowanej wody, w taki sposób, że w jelicie jednorazowo nie znajduje się więcej niż 1,5 do 3 litrów wody. Zabieg trwa około 45 minut, podczas których w kilku cyklach, pod bardzo łagodnym ciśnieniem wprowadza się do okrężnicy i wyprowadza przefiltrowaną wodę podgrzaną do temperatury ciała. Podczas zabiegu pielęgniarka wykonuje delikatny masaż brzucha, dzięki czemu wyczuwa palpacyjnie stan okrężnicy i położenie złogów, wspomagając ich ewakuację.

Technika wykonywania zabiegu pozwala na głębokie przepłukanie okrężnicy. Po serii kilku zabiegów woda dociera do najdalszych zakamarków i uchyłków okrężnicy opłukując także okolice zastawki kątniczo rętniczej – miejsce połączenia jelita grubego z jelitem cienkim. Po kilku lub kilkunastu zabiegach oczyszczone jest całe jelito, łącznie z odcinkiem tzw. jelita ślepego. Tak wykonane zabiegi pozwalają oczyścić okolice wyrostka robaczkowego, zapewniając między innymi profilaktykę stanu zapalnego tej okolicy. Pozwala to uchronić się przed tak powszechnie dzisiaj stosowanymi, a nie obojętnymi dla zdrowia, zabiegami usunięcia wyrostka.

Ciśnienie wody podczas zabiegu jest kontrolowane. Przed zabiegiem mierzone jest ciśnienie krwi, a po zabiegu podawane są zawsze probiotyki. Zarówno przed zabiegiem, jak i po jego przeprowadzeniu zaleca się lekkostrawną dietę.
Wszelkie akcesoria wykorzystywane do zabiegu są jednorazowe, a aparatura zabiegowa jest dezynfekowana po każdym zabiegu. Ponieważ obieg odpływowy jest szczelny, podczas zabiegu nie wydostają się żadne nieprzyjemne zapachy. Korzystne jest także, że i pacjent, może obserwować wydostające się na zewnątrz złogi.