Przed zabiegiem zawsze należy przeprowadzić bardzo dokładny wywiad. Często wskazane jest wykonanie badania USG jamy brzusznej i dróg żółciowych. Jeżeli nie występują przeciwwskazania, praktycznie każdy człowiek w wieku od 8 lat może poddać się zabiegowi hydrokolonoterapii, nawet bez specjalnego przygotowania. Jednak efekty zabiegów będą lepsze, jeżeli przez 3 do 5 dni przed zabiegiem zastosujemy dietę lekkostrawną i bogatą w błonnik, aby ułatwić proces oczyszczania okrężnicy.

W tym okresie zaleca się unikanie białka zwierzęcego oraz pokarmów, które pozostając na ścianach jelit powodują wzdęcia czy gazy, utrudniając przeprowadzenie zabiegu (produkty mączne czy mleczne). Należy przyjmować dużo płynów, jeść jak najwięcej warzyw, zwłaszcza zielonych, wskazane są też kasze. Korzystnie na efektywność zabiegu hydrokolonoterapii wpływa przyjmowanie preparatów zawierających łuskę Babki Lancetowatej, takich jak np. Ispagul, Colon lub podobne. Dzień przed zabiegiem można zastosować łagodny, ziołowy środek przeczyszczający.